עמותת שק"ל משתפת פעולה עם משרדי ממשלה, רשויות מקומיות, קרנות ציבוריות כמו המוסד לביטוח לאומי, קרן שלם, ג'וינט-ישראל, והקרן לירושלים ומלכ"רים אחרים בארץ. לדוגמא, אנו מספקים שירותי תעסוקה ותרבות פנאי לדיירי מערכות דיור של ארגונים אחרים. בזכות הניסיון והידע הרב של הצוות המקצועי, עובדי שק"ל מוזמנים לעיתים קרובות להופיע כמרצים בכנסים וימי עיון. לתוכנית לתרבות פנאי שיתופי פעולה רבים עם ארגוני תרבות, מתנ"סים , מוזיאונים ומוסדות חינוך להשכלה הגבוהה. המרכז לנגישות של שק"ל מבצע פרויקטים ביחד עם משרדי ממשלה, רשויות מקומיות, בתי עסק, ארגונים, מוסדות תרבות וחינוך, בתי כנסת וחברות. שק"ל מארחת משלחות רבות מחו"ל מטעם משרד החוץ ומארגוני רווחה ומלכ"רים דומים. היחידה להתנדבות בקשר עם ארגוניי מתנדבים רבים בארץ ובחו"ל.
הייחוד בשק"ל בכך שהיא מסייעת לאנשים עם צרכים מיוחדים מגוונים מכל הגילאים ומכל מגזרי החברה. מעט ארגונים מציעים רצף שירותים המקיפים את שלושת מרכיבי החיים העיקריים: דיור, תעסוקה ותרבות פנאי. שק"ל היא אחד המלכ"רים המובילים בארץ בתחום הרווחה ומוזמנת לעיתים קרובות להשתתף בועדות ותוכניות ברמה ארצית ומקומית.