שק"ל מפעילה תכניות בגני ילדים ובתי ספר לחינוך מיוחד משנת 1992, במטרה להקל על המשפחות ולאפשר להן להמשיך לגדל את ילדיהן בבית, ולא להזדקק לסידור חוץ ביתי בגיל צעיר.
תוכניות יום לימודים ארוך ומועדוניות שיקומיות מאפשרות להורים להמשיך לנהל אורח חיים נוח יותר, ללא צורך לקצר את יום העבודה, ובזכות כך מורידה באופן משמעותי את אחוז הילדים עם מוגבלויות שהוצאו למסגרות חוץ ביתיות, והילדים נשארים לגור עם משפחתם בביתם.
התכניות מיועדות לתלמידי החינוך המיוחד, שהוכרו על ידי משרד הרווחה, ומשתתפים בהם 265 ילדים בירושלים ובפתח תקווה:
- ביה''ס הטנה, ירושלים
- ביה''ס הדביר החדש, ירושלים
- ביה''ס כי״ח (לחירשים – יהודים וערבים), ירושלים
- גני אדי שור, ירושלים
- גן נופר, פתח תקווה
צוות העובדים מונה כ- 80 איש כולל רכזים ומדריכי חוגים: אומנות, מחשבים, מוסיקה, גינון, טיפול באמצעות בעלי חיים, ספורט תנועה וכדו', רופא, עובדים סוציאליים, פיזיותרפיסטים, מרפאים בעיסוק וסייעות.
שק"ל יוזמת ופועלת לגיוס משאבים עבור בתי הספר, לרכישת ציוד מתקדם ולשיפור תנאי הטיפול והעבודה.